Призеры хакатона LifeCode-2018 активно работают над проектами, представленными на мероприятии

20 августа 2018

Образование

LifeCode-2018 прошел в Технопарке Академгородка. Непосредственно перед ним в НГУ была проведена Школа молодых ученых «Компьютерное моделирование структуры и динамики биомолекул»: больше половины участников хакатона посетили ее, что позволило им узнать о современных компьютерных методах в биологии и познакомиться друг с другом. На Школе были лекции и практикумы специалистов, а также стендовые и устные доклады участников - студентов, аспирантов и молодых ученых из разных городов.

На хакатоне LifeCode-2018 участникам было представлено несколько задач из разных областей биоинформатики. Каждая команда выбрала задачу себе по вкусу, и почти двое суток работала над ее решением. В конце мероприятия команды показали презентации своих работ. Жюри, состоящее из ученых и представителей бизнеса, выбрало победителей, которые получили подарки и денежные призы. Но главным результатом хакатона является то, что спустя три месяца многие команды продолжают развивать свои проекты.


Представитель команды, занявшей перовое место Иван Петрушин рассказал, что узнал о хакатоне и школе еще в феврале, когда первый раз участвовал в школе по биоинформатике в НГУ, посвященной геному человека. Его команда выбрала актуальную для Новосибирской области задачу - подбор ингибиторов белков вируса клещевого энцефалита с помощью докинга. Проект сейчас продолжается совместно с сотрудниками ГНЦ ВБ «Вектор», планируется экспериментальная проверка влияния найденных ингибиторов на вирус.

– Очень интересна оказалась тема моделирования биополимеров, взаимодействия их с малыми молекулами, что часто необходимо при дизайне лекарств. Лекторы школы познакомили с важными инструментами: Discovery Studio Visualizer, PyRx и UGENE. Особенно интересно было пообщаться непосредственно с разработчиками UGENE. Доклады участников здорово развили кругозор по теме, заставили взглянуть по-новому на некоторые методики. Хакатон - это отличный шанс поработать над реальной задачей, получить навык командной работы, почувствовать атмосферу драйва и увлечённости. Часто работа на хакатоне становится началом совместной работы, что порой важнее призов, – говорит Иван Петрушин.

Команда, занявшая второе место, решала задачу о разпознавании изображений, получающихся при анализе повреждений ДНК методом ДНК-комет. Дальнейшая работа над проектом идет совместно с норвежской компанией NorGenoTech, которая предложила эту задачу на хакатон и предоставила изображения для анализа.

– После хакатона я начала исследовать возможности программы 3Д-моделирования Blender по работе с пространственными структурами белков. Мое решение задачи по укладке амилоидных фибрилл, которое я представила на хакатоне, было еще предварительным. Сейчас я на планирую все сделать на более высоком уровне, и надеюсь, что вместе с товарищами по команде мы опубликуем статью, – отметила Зинаида Радькова, одна из участниц LifeCode-2018.

Команда, занявшая третье место, выбрала темой своего проекта работу с базой данных сплайсинговых вариантов белков. Автор задачи, Нина Опарина, работает в Стокгольмском университете. В начале июля она приезжала в Новосибирск и встретилась с участниками хакатона, чтобы обсудить развитие разработанного ими веб-сервиса и подготовку публикации в научный журнал.

Мероприятие проходило при поддержке Проекта 5-100.

Теги: Факультет естественных наук, Хакатон