Новосибирский государственный университет
Лаборатория методов создания, исследования и идентификации математических моделей естествознания
Основные направления исследований:
- создание новых математических моделей теории упругости, электродинамики, акустики, астрофизики, иммунологии, эпидемиологии, фармакокинетики, экономики и социальных процессов;
- исследование свойств этих моделей и возможности идентификации моделей (определение и уточнение основных параметров моделей, начальных условий исследуемых процессов, источников и областей).
В рамках деятельности лаборатории:
- разрабатываются численные алгоритмы решения обратных задач термоакустики, иммунологии, эпидемиологии, фармакокинетики и генных сетей (пункты 4 «Биомедицинские и ветеринарные технологии», 5 «Геномные, протеомные и постгеномные технологии» и 22 «Технологии снижения потерь от социально значимых заболеваний» перечня критических технологий Российской Федерации);
- разрабатываются численные алгоритмы решения обратных задач теории упругости, электродинамики, акустики, гидродинамики (пункты 19 «Технологии мониторинга и прогнозирования состояния окружающей среды, предотвращения и ликвидации ее загрязнения», 20 «Технологии поиска, разведки, разработки месторождений полезных ископаемых и их добычи» и 21 «Технологии предупреждения и ликвидации чрезвычайных ситуаций природного и техногенного характера» перечня критических технологий Российской Федерации);
- предусмотрено численное исследование моделей на супер-ЭВМ с применением современных параллельных вычислительных технологий (пункт 18 «Технологии и программное обеспечение распределенных и высокопроизводительных вычислительных систем» перечня критических технологий Российской Федерации).
Результаты исследований лаборатории
- Разработан высокооптимизированный пакет программ для дифракционного моделирования сейсмических волновых полей в трёхмерных слоисто-блоковых средах. Пакет позволяет моделировать волновые поля в сложных средах с целью поиска полезных ископаемых (в основном нефти и газа) в трудноисследуемых местах.
- Исследованы задачи коллапса астрофизических объектов. Смоделированы сценарии рождения новых звезд из молекулярных облаков с учетом их химической эволюции.
- Разработанные методы и алгоритмы решения обратных и некорректных задач применимы в задачах медицинской томографии, подповерхностной радиолокации и каротаже скважин.
- Разработан новый алгоритм численного расчета амплитуды волны цунами, отличающийся высокой скоростью расчета. На основе данного алгоритма создан комплекс программ.
- Исследована простейшая модель инфекционного заболевания, которая характеризуется параметрами иммунитета и заболевания.
- Разработаны численные алгоритмы и комплексы программ определения параметров математических моделей иммунологии, эпидемиологии, многокамерной и нелинейной фармакокинетики по анализам крови, урины и статистическим данным на основе итерационных методов.
Кафедра теории функций Механико-математического факультета НГУ
Кафедра математических методов геофизики Механико-математического факультета НГУ
Кафедра гидродинамики Механико-математического факультета НГУ
Кафедра вычислительных систем Механико-математического факультета НГУ
Институт вычислительной математики и математической геофизики СО РАН
Институт математики им. С.Л. Соболева СО РАН
Институт цитологии и генетики СО РАН
2017 г.
В высокорейтинговых научных изданиях, входящие в базы цитирования Scopus и/или Web of Science
- Kabanikhin S.I., Krivorotko O.I., Yermolenko D.V., Latyshenko V.A., Kashtanova V.N. Inverse problems of immunology and epidemiology. Eurasian Journal of Mathematical and Computer Applications. 2017. V. 5, Issue 2. P. 14-35. ISSN 2306–6172. Scopus, РИНЦ.
- Kabanikhin S.I., Krivorotko O.I., Yermolenko D.V. A parameter identification problem for the mathematical model of HIV dynamics. The proceedings of the 2017 International Multi-Conference on Engineering, Computer and Information Sciences (SIBIRCON-2017), 18-22 Sep., Novosibirsk, P. 82-86. (Scopus, РИНЦ. DOI: 10.1109/SIBIRCON.2017.8109842)
- S. Kabanikhin, O. Krivorotko, V. Kashtanova, V. Latyshenko. Identification the mathematical model of the transmission TB/HIV co-infection in endemic areas. The proceedings of the 2017 International Multi-Conference on Engineering, Computer and Information Sciences (SIBIRCON-2017), 18-22 Sep., Novosibirsk, P. 77-81. (Scopus, РИНЦ, ISBN: 978-1-5386-1595-9) DOI: 10.1109/SIBIRCON.2017.8109841
- Kabanikhin S., Krivorotko O., Kashtanova V. A combined numerical algorithm for reconstructing the mathematical model for tuberculosis transmission with control programs. Journal of Inverse and Ill-Posed Problems. 2017. ISSN (Online) 1569-3945, ISSN (Print) 0928-0219, Web of Science, Scopus.
- Kulikov I., Chernykh I., Protasov V. The numerical modelling of MHD astrophysical flows with chemistry // Journal of Physics: Conference Series. – 2017. – V. 894. – Article Number 012132. (Web of Science, Scopus)
- Kulikov I., Glinsky B., Chernykh I., Nenashev V., Shmelev A. Numerical simulations of astrophysical problems on massively parallel supercomputer // IEEE Proceedings - 2016 11th International Forum on Strategic Technology, IFOST 2016. – 2017. – INSPEC Accession Number 16760377. (Web of Science, Scopus)
- Glinskiy, B., Kulikov, I., Chernykh, I. Improving the performance of an AstroPhi code for massively parallel supercomputers using roofline analysis // Communications in Computer and Information Science. – 2017. – V. 793. – P. 400-406.
- Glinskiy, B., Kulikov, I., Chernykh, I., Snytnikov A., Sapetina, A., Weins, D. The Integrated Approach to Solving Large-Size Physical Problems on Supercomputers // Communications in Computer and Information Science. – 2017. – V. 793. – P. 278-289.
- Godunov S.K., Klyuchinskiy D.V., Safronov A.V., Fortova S.V., Shepelev V.V. Experimental study of numerical methods for the solution of gas dynamics problems with shock waves // принята к публикации в журнале Journal of Physics: Conference Series в 2018 году. (Scopus, ISSN 1742-6588)
- Penenko, V. V.; Penenko, A. V. & Tsvetova, E. A. Variational approach to the study of processes of geophysical hydro-thermodynamics with assimilation of observation data // Journal of Applied Mechanics and Technical Physics, 2017 , V. 58 , P. 771–778 (WebofScience, Scopus, РИНЦ)
- Penenko, A.; Penenko, V. & Mukatova, Z. Direct data assimilation algorithms for advection-diffusion models with the increased smoothness of the uncertainty functions // The proceedings of the 2017 International Multi-Conference on Engineering, Computer and Information Sciences (SIBIRCON-2017), 18-22 Sep., Novosibirsk, P.126-130 (Scopus, DOI: 10.1109/SIBIRCON.2017.8109842)
- Alexey Penenko, Pavel Antokhin, Anastasia Grishina, "Variational data assimilation of airborne sensing profiles to the transport and transformation model of atmospheric chemistry", Proc. SPIE 10466, 23rd International Symposium on Atmospheric and Ocean Optics: Atmospheric Physics, 1046674 (30 November 2017); doi: 10.1117/12.2288830; (WebofScience, Scopus)
- Grishina A. A., Penenko A. V. On a comparison of two schemes in sequential data assimilation // AIP Conference Proceedings, 2017, Vol. 1907, P. 030013 (Scopus)
- P. N. Antokhin, O. Yu. Antokhina, B. D. Belan, D. V. Simonenkov, A. V. Penenko, A. B. Kolker, A. V. Gochakov, "Simulation of spread and transformation of emissions from Norilsk industrial zone with the WRF-CHEM model: comparison with experimental data of airborne sensing", Proc. SPIE 10466, 23rd International Symposium on Atmospheric and Ocean Optics: Atmospheric Physics, 104665S (30 November 2017); doi: 10.1117/12.2287128; (WebofScience, Scopus)
- Кирилова И.А., Подорожная В.Т., Шаркеев Ю.П., Николаев С.В., Пененко А.В., Уваркин П.В., Ратушняк П.В., Чебодаева В.В., Анастасиева Е.А., Голушко С.К., Корель А.В. Свойства деминерализованного костного матрикса для биоинженерии тканей //Комплексные проблемы сердечно-сосудистых заболеваний. 2017. Т. 6. № 3. С. 25-36. (РИНЦ)
- Гришина А.А., Пененко А.В. Моделирование кинетики химических реакций с использованием схем вариационного усвоения данных// Вычислительные технологии. 2017. Т. 22. № S1. С. 27-43. (РИНЦ)
- Пененко А., В., Гришина А., А. Численное исследование алгоритмов оценки источников для модели трансформации примесей в атмосфере // Интерэкспо ГЕО-Сибирь-2017. XIII Междунар. науч. конгр., 17–21 апреля 2017 г., Новосибирск : Междунар. науч. конф. «Дистанционные методы зондирования Земли и фотограмметрия, мониторинг окружающей среды, геоэкология» : сб. материалов в 2 т. Т. 1., Сибирский государственный университет геосистем и технологий (Новосибирск), 2017 , Т. 1 , С. 136-140 (РИНЦ)
- Кабанихин, С. И.; Голубева, Е. Н.; Крупчатников, В. Н.; Леженин, А. А.; Пененко, А. В.; Пененко, В. В. & Платов, Г. А.Цифровая интеллектуальная Сибирь и Арктика // Интерэкспо ГЕО-Сибирь-2017. XIII Междунар. науч. конгр., 17–21 апреля 2017 г., Новосибирск : Пленарное заседание : сб. материалов., Сибирский государственный университет геосистем и технологий (Новосибирск), 2017 , C. 37-48 (РИНЦ)
- Ponomarenko, P., Chadaeva, I., Rasskazov, D.A., Sharypova, E., Kashina, E.V., Drachkova, I., Zhechev, D., Ponomarenko, M.P., Savinkova, L.K. and Kolchanov, N. 2017. Candidate SNP Markers of Familial and Sporadic Alzheimer’s Diseases Are Predicted by a Significant Change in the Affinity of TATA-Binding Protein for Human Gene Promoters. Frontiers in Aging Neuroscience. 9, (Jul. 2017). DOI: 10.3389/fnagi.2017.00231
- N. A. Omelyanchuk, D. S. Wiebe, D. D. Novikova, V. G. Levitsky, N. Klimova, V. Gorelova, C. Weinholdt, G. V. Vasiliev, E. V. Zemlyanskaya, N. A. Kolchanov, A. V. Kochetov, I. Grosse& V. V. Mironova. Auxin regulates functional gene groups in a fold-change-specific manner in Arabidopsis thaliana roots // Scientific Reports 7, Article number: 2489(2017) doi:10.1038/s41598-017-02476-8
- Vishnevsky O.V., Bocharnikov A.V., Kolchanov N.A. Argo_CUDA: Exhaustive GPU based approach for motif discovery in large DNA datasets // J Bioinform Comput Biol. 2017 Dec 10:1740012. doi: 10.1142/S0219720017400121.
- Yuriy L. Orlov, Ancha V. Baranova, Tatiana V. Tatarinova, Nikolay A. Kolchanov. Genetics at Belyaev Conference – 2017: introductory note // BMC Genet. 2017; 18(Suppl 1): 116. Published online 2017 Dec 28. doi: 10.1186/s12863-017-0577-4
- O.V. Saik and and N.A. Kolchanov and T.V. Ivanisenko and P.S. Demenkov and V.A. Ivanisenko and and and and and 2017. Development Of Methods For Automatic Extraction Of Knowledge From Texts Of Scientific Publications For The Creation Of A Knowledge Base Solanum Tuberosum. Seltextquotesingleskokhozyaistvennaya Biologiya. 52, 1 (Feb. 2017), 63–74. DOI: 10.15389/agrobiology.2017.1.63eng
- Orlov, Y.L., Kolchanov, N.A., Hofestädt, R. and Wong, L. 2017. Editorial - Bioinformatics development at the BGRS/SB conference series: 10th anniversary. Journal of Bioinformatics and Computational Biology. 15, 2 (Apr. 2017), 1702001. DOI: 10.1142/S0219720017020012
- Potter, E.A. et al. 2017. Gene expression profiling of tumor-initiating stem cells from mouse Krebs-2 carcinoma using a novel marker of poorly differentiated cells // Oncotarget. 2017 Feb 7;8(6):9425-9441. doi: 10.18632/oncotarget.14116.
- Medvedev, K.E., Kolchanov, N.A. and Afonnikov, D.A. 2017. High temperature and pressure influence the interdomain orientation of Nip7 proteins from P. abyssi and P. furiosus: MD simulations. Journal of Biomolecular Structure and Dynamics. (Jan. 2017), 36(1):68-82. doi: 10.1080/07391102.2016.
- Medvedev, K.E., Kolchanov, N.A. and Afonnikov, D.A. 2017. Identification of residues of the archaeal RNA-binding Nip7 proteins specific to environmental conditions. Journal of Bioinformatics and Computational Biology. 15, 2 (Apr. 2017), 1650036. doi: 10.1142/S0219720016500360.
- Saik, O.V., Konovalova, N.A., Demenkov, P.S., Ivanisenko, N.V., Ivanisenko, T.V., Ivanoshchuk, D.E., Konovalova, O.S., Podkolodnaya, O.A., Lavrik, I.N., Kolchanov, N.A. and Ivanisenko, V.A. 2017. Molecular mechanisms of the interaction between the processes of the cell response to mechanical stress and neuronal apoptosis in primary open-angle glaucoma. Russian Journal of Genetics: Applied Research. 7, 5 (Jul. 2017), 558–564.
- Kolchanov, N.A., Kochetov, A.V., Salina, E.A., Pershina, L.A., Khlestkina, E.K. and Shumny, V.K. 2017. Status and prospects of marker-assisted and genomic plant breeding.Herald of the Russian Academy of Sciences. 87, 2 (Mar. 2017), 125–131.
- Oshchepkova, E.A., Omelyanchuk, N.A., Savina, M.S., Pasternak, T., Kolchanov, N.A. and Zemlyanskaya, E.V. 2017. Systems biology analysis of the WOX5 gene and its functions in the root stem cell niche. Russian Journal of Genetics: Applied Research. 7, 4 (Jun. 2017), 404–420.
- Alemasov, N.A., Ivanisenko, N.V., Medvedev, S.P., Zakian, S.M., Kolchanov, N.A. and Ivanisenko, V.A. 2017. Dynamic properties of SOD1 mutants can predict survival time of patients carrying familial amyotrophic lateral sclerosis. Journal of Biomolecular Structure and Dynamics. 35, 3 (Feb. 2017), 645–656. doi: 10.1080/07391102.2016.1158666.
- Krivorotko O. Identification problem for the mathematical models of social diseases with control programs // Applied Inverse Problems 2017, Conference in Hangzhou, China, May 29- June 02, 2017. P. 98. (секционный, международная).
- Krivorotko O. Source problem for shallow water equations // Applied Inverse Problems 2017, Conference in Hangzhou, China, May 29- June 02, 2017. P. 31. (секционный, международная).
- Yermolenko D.V., Krivorotko O.I., Kabanikhin S.I. A numerical investigation of the inverse problems for the mathematical model of HIV dynamics // Конференция «Марчуковские научные чтения 2017», 25 июня– 14 июля 2017 г., стр.192, Академгородок, Новосибирск (секционный, международная).
- Кондакова Е.А., Кабанихин С.И., Криворотько О.И. Метод оптимального управления в задаче взаимодействия новообразований и иммунных клеток // Конференция «Марчуковские научные чтения 2017», 25 июня– 14 июля 2017 г., стр.192, Академгородок, Новосибирск (секционный, международная).
- Криворотько О.И., Кабанихин С.И., Ермоленко Д.В., Каштанова В.Н., Латышенко В.А. Комплексный подход к численному исследованию обратных задач в науке о живом // Конференция «Марчуковские научные чтения 2017», 25 июня– 14 июля 2017 г., стр.193, Академгородок, Новосибирск (секционный, международная).
- Криворотько О.И., Каштанова В.Н. Стохастический GLS метод решения обратной задачи для математических моделей эпидемиологии // Конференция «Марчуковские научные чтения 2017», 25 июня– 14 июля 2017 г., стр.193, Академгородок, Новосибирск (секционный, международная).
- Кабанихин С.И., Криворотько О.И., Кондакова Е.А. Метод оптимального управления в задаче для математической модели взаимодействия клеток новообразования и иммунитета в условиях радиотерапии // Международная конференция «Математика в современном мире», посвященная 60-летию института математики им. С.Л. Соболева, Новосибирск, Россия, 14-19 августа 2017г. с.307. (постерный, международная).
- Латышенко В.А., Криворотько О.И., Кабанихин С.И. Численное решение одной обратной задачи иммунологии и исследование практической идентифицируемости // Международная конференция «Математика в современном мире», посвященная 60-летию Института математики им. С.Л. Соболева, Новосибирск, Россия, 14-19 августа 2017 г. C. 316 (секционный, международная).
- Krivorotko O.I., Kabanikhin S.I., Yermolenko D.V., Kashtanova V.N., Latyshenko V.A. Regularization of inverse and ill-posed problems in biology // Международная конференция «Математика в современном мире», посвященная 60-летию Института математики им. С.Л. Соболева, Новосибирск, Россия, 14-19 августа 2017 г. C. 341. (секционный, международная).
- Krivorotko O.I., Kashtanova V.N. Solving of the inverse problem for mathematical model of the transmission TB/HIV co-infections // Международная конференция «Математика в современном мире», посвященная 60-летию Института математики им. С.Л. Соболева, Новосибирск, Россия, 14-19 августа 2017 г. C. 342. (секционный, международная).
- Yermolenko D.V., Krivorotko O.I., Kabanikhin S.I. A parameter identification problem for mathematical model of HIV dynamics with treatment // Международная конференция «Математика в современном мире», посвященная 60-летию Института математики им. С.Л. Соболева, Новосибирск, Россия, 14-19 августа 2017 г. C. 350. (секционный, международная).
- Латышенко В.А., Криворотько О. И., Кабанихин С.И. Численное решение и анализ обратной задачи для одной математической модели иммунологии // 9-ая международная молодежная научная школа-конференция "Теория и численные методы решения обратных и некорректных задач", 26 июня -2 июля, 2017, Новосибирск, с.38. (секционный, международная).
- Yermolenko D.V., Krivorotko O.I. A parameter identification problem and optimal treatment control for the mathematical model of HIV dynamics // 9-ая международная молодежная научная школа-конференция “Теория и численные методы решения обратных и некорректных задач”, Новосибирск, Академгородок, 26 июня-2 июля 2017. С. 27. (секционный, международная).
- Ермоленко Д.В., Криворотько О.И., Кабанихин С.И. Идентификация математической модели внутриклеточной динамики ВИЧ-инфекции // Тринадцатая международная азиатская школа-семинар "Проблемы оптимизации сложных систем", 18-22 сентября 2017 года, Новосибирск, Россия. (секционный, международная).
- Латышенко В.А., Криворотько О. И., Кабанихин С.И. Sensitivity-based analysis of the inverse problem for one mathematical model of immunology // Тринадцатая международная азиатская школа-семинар "Проблемы оптимизации сложных систем". 18-22 сентября 2017, Новосибирск. (секционный, международная).
- Криворотько О.И., Кабанихин С. И., Каштанова В. Н., Латышенко В. А.Identification of the mathematical model of the transmission TB/HIV co-infection in endemic areas // Тринадцатая международная азиатская школа-семинар "Проблемы оптимизации сложных систем", 18-22 сентября 2017 года, Новосибирск, Россия. (секционный, международная).
- Latyshenko V., Krivorotko O., Kabanikhin S., Zhang Sh., Kashtanova V., Yermolenko D. Identifiability analysis of inverse problems in biology // The 2nd International Conference on Computational Modeling, Simulation and Applied Mathematics (CMSAM2017), October 22-23, 2017, Beijing, China. (секционный, международная).
- Yermolenko D.V., Krivorotko O.I., Kabanikhin S.I. An optimization approach of solving the identification problem for mathematical model of the HIV infection dynamics // VIII международная конференция по математическому моделированию, Якутск, 04-08 июля 2017 г. C. 67. (секционный, международная).
- D. Yermolenko, O. Krivorotko, S. Kabanikhin. Numerical solving of inverse problems for the mathematical model of HIV dynamics // VI congress of the Turkic world mathematical society, Астана, Казахстан, 1-6 октября, 2017. P. 342. (секционный, международная).
- V. Latyshenko, O. Krivorotko, S. Kabanikhin, V. Kashtanova. Sensitivity-based identifiability analysis for mathematical problems of biology // VI congress of the Turkic world mathematical society, Астана, Казахстан, 1-6 октября, 2017. P. 91. (секционный, международная)
- Латышенко В.А., Криворотько О. И., Кабанихин С.И. Методы практической идентифицируемости некоторых математических моделей биологии // Международная школа-конференция «Соболевские чтения», 20-23 августа 2017, Новосибирск. с.70 (секционный, международная).
- Латышенко В.А. Обратная задача для математической модели инфекционного заболевания // 55-я международная научная студенческая конференция, 17-20 апреля 2017г., Новосибирск, с.157 (секционный, международная).
- Yermolenko D.V. An optimization approach for solving a problem of determining the parameters of mathematical model of the intracellular dynamics of HIV with treatment // 55-я международная научная студенческая конференция, 17-20 апреля 2017г., Новосибирск, с.137 (секционный, международная).
- Кондакова Е.А. Метод оптимального управления в задаче для обыкновенных дифференциальных уравнений // 55-я международная научная студенческая конференция, 17-20 апреля 2017г., Новосибирск, с.23 (секционный, международная).
- Черных И.Г., Снытников А.В., Глинский Б.М., Куликов И.М., Винс Д.В., Сапетина А.Ф. Решение вычислительно сложных задач на основе интегрального подхода. Национальный суперкомпьютерный форум, 28 ноября – 1 декабря 2017 года, Переславль-Залесский. (Российская, секционный).
- Черных И.Г., Глинский Б.М., Куликов И.М. Опыт использования территориального распределенного вычислительного комплекса МСЦ РАН - ССКЦ ИВМиМГ СО РАН. Национальный суперкомпьютерный форум, 28 ноября – 1 декабря 2017 года, Переславль-Залесский. (Российская, секционный).
- Черных И.Г., Куликов И.М., Протасов В.А. Новый код для моделирования астрофизических МГД течений. Национальный суперкомпьютерный форум, 28 ноября – 1 декабря 2017 года, Переславль-Залесский. (Российская, секционный).
- Glinskiy B., Chernykh I., Kulikov I., Snytnikov A., Sapetina A., Weins D. The Integrated Approach to Solving Large-Size Physical Problems on Supercomputers. Суперкомпьютерные дни в России, 25 – 26 сентября 2017 года, Москва. (Российская, секционный).
- Куликов И.М., Черных И.Г., Глинский Б.М. Оптимизация астрофизического кода AstroPhi с использованием roofline анализа. Суперкомпьютерные дни в России, 25 – 26 сентября 2017 года, Москва. (Российская, секционный).
- Глинский Б.М., Черных И.Г., Куликов И.М., Снытников А.В., Винс Д., Сапетина А.Ф. Интегральный подход к разработке алгоритмического и программного обеспечения экзафлопсных суперЭВМ: некоторые результаты. Международная конференция «Вычислительная и прикладная математика 2017», 25 – 30 июня 2017 года, Новосибирск. (Международная, секционный).
- Черных И.Г., Глинский Б.М., Куликов И.М. Высокопроизводительные вычисления на модернизированном кластере НКС-1П. Международная конференция «Вычислительная и прикладная математика 2017», 25 – 30 июня 2017 года, Новосибирск. (Международная, секционный).
- Глинский Б.М., Куликов И.М., Черных И.Г., Кабанихин С.И., Соловьев С.А. Особенности использования гетерогенной архитектуры Сибирского суперкомпьютерного центра для решения научных задач. Международная конференция «Вычислительная и прикладная математика 2017», 25 – 30 июня 2017 года, Новосибирск. (Международная, секционный).
- Kulikov I. The Chemodynamical Modeling of MHD Turbulence of the Interstellar Medium on Intel Xeon Phi supercomputers. The Fifth Russian-Chinese Workshop on Numerical Mathematics and Scientific Computing, 29 – 30 июня 2017 года, Новосибирск. (Международная, секционный).
- Kulikov I., Chernykh I., Protasov V. The numerical modelling of MHD astrophysical flows with chemistry. Всероссийская конференция с международным участием "Современные проблемы механики сплошных сред и физики взрыва", посвященная 60-летию Института гидродинамики им. М.А. Лаврентьева СО РАН, 4 – 8 сентября 2017 года, Новосибирск. (Российская, секционный).
- Куликов И.М. Математическое моделирование взрыва сверхновой типа SN 2006gy на суперЭВМ. Международная конференция «Математика в современном мире», посвященная 60-летию Института математики им. С. Л. Соболева СО РАН, 14 – 19 августа 2017 года, Новосибирск. (Международная, секционный).
- Куликов И.М., Черных И.Г., Волкова В.М., Тальников В.О., Сапетина А.Ф. Математическое моделирование и классификация крупномасштабных космологических структур на суперЭВМ. Параллельные вычислительные технологии, 3 – 7 апреля 2017 года, Казань. (Российская, секционный).
- Куликов И.М. Математическое моделирование образования молекулярного облака в ходе развития МГД турбулентности межзвездной среды. Конференция молодых ученых ИВМиМГ СО РАН, 24 – 25 апреля 2017 года, Новосибирск. (Российская, секционный).
- Ключинский Д.В. Экспериментальное исследование разностных моделей газовой динамики с ударными волнами // Международная студенческая научная конференция МНСК-2017, Новосибирск, 16-20 апреля 2017, стр. 118 (секционный, международная).
- Годунов С.К., Ключинский Д.В. Экспериментальное исследование разностных моделей газовой динамики с ударными волнами // 9-ая международная молодежная школа-конференция “Теория и численные методы решения обратных и некорректных задач”, посвященная 85-летию со дня рождения академика М.М. Лаврентьева, Академгородок, Новосибирск, 26 июня - 2 июля 2017 г., с. 33 (пленарный, международная).
- Годунов С.К., Ключинский Д.В. Дискретная модель однородного обобщенного решения нелинейных уравнений газовой динамики (эксперименты, выявляющие область ее применения) // Международная конференция «Математика в современном мире», посвященная 60-летию института математики им. С.Л. Соболева, Новосибирск, Россия, 14-19 августа 2017г. с. 52. (пленарный, международная).
- Klyuchinskiy D.V., Godunov S.K. An experimental investigation of discontinuous solutions of a new finite-difference model of fluid dynamics with entropy nondecreasing // Almaty, Kazakhstan, December 26-28, 2017. (секционный, международная).
- A.V. Penenko, V.V. Penenko, E.A.Tsvetova, P.N. Antokhin and A.V. Gochakov PEEX modeling platform: numerical algorithms for global and regional environmental inverse modeling problems // В сборнике: Proceedings of the 3rd Pan-Eurasian Experiment (PEEX) Conference and the 7th PEEX Meeting2017. Том. 201. Report series in aerosol science С. 378-380. (секционный, международная).
- Baklanov A.A., Mahura A.G., Arnold S.R., Spracklen D.V., Makkonen R., Petäjä T., Kerminen V.M., Lappalainen H.K., Jochum M., Nuterman R.B., Nielsen S.B., Esau I., Zhang W., Penenko A.V., Gordov E.P., Zilitinkevich S.S., Kulmala M. PEEX modelling platform for seamless multi-dimensional environmental prediction // В сборнике: Proceedings of the 3rd Pan-Eurasian Experiment (PEEX) Conference and the 7th PEEX Meeting 2017. Том. 201. Report series in aerosol science С. 37-39. (секционный, международная).
- Alexander Baklanov (1), Alexander Mahura (2), Stephen Arnold (3), Risto Makkonen (4), Tuukka Petäjä (4), Veli-Matti Kerminen (4), Hanna K. Lappalainen (4), Igor Ezau (5), Roman Nuterman (6), Wen Zhang (7), Alexey Penenko (8), Evgeny Gordov (9), Sergej Zilitinkevich (4), Markku Kulmala (4), and the PEEX Modelling Platform Team PEEX Modelling Platform for Seamless Environmental Prediction // Geophysical Research Abstracts Vol. 19, EGU2017-13690, 2017 EGU General Assembly 2017 (постер, международная).
- Bent Hansen Sass (1), Alexander Mahura (1), Roman Nuterman (2,3), Alexander Baklanov (4), Julia Palamarchuk (5), Serguei Ivanov (5), Kristian Pagh Nielsen (1), Alexey Penenko (6,7), Nellie Edvardsson (8), Aleksander Andrzej Stysiak (9), Kairat Bostanbekov (10,11), Bjarne Amstrup (1), Xiaohua Yang (1), Igor Ruban (5), Marina Bergen Jensen (9), Vladimir Penenko (6), Daniyar Nurseitov (10), and Edige Zakarin (12) Enviro-HIRLAM/ HARMONIE Studies in ECMWF HPC EnviroAerosols Project // Geophysical Research Abstracts Vol. 19, EGU2017-15675, 2017 EGU General Assembly 2017 (постер, международная).
- Boris D. Belan (1), Pavel N. Antokhin (1), Olga Yu. Antokhina (1), Mikhail Yu. Arshinov (1), Sergey B. Belan (1), Denis K. Davydov (1), Oleg A. Krasnov (1), Alexey V. Penenko (2), Denis E. Savkin (1), Tatayna K. Sklyadneva (1), and Gennadii N. Tolmahev (1) Estimating vertical fluxes of ozone within the atmospheric boundary layer Geophysical Research Abstracts Vol. 19, EGU2017-11358, 2017 EGU General Assembly 2017 (постер, международная).
- А.В Пененко,, П.Н.Антохин, А.А Гришина Исследование эффективности вариационных алгоритмов усвоения данных профилей высотного зондирования // Оптика атмосферы и океана. Физика атмосферы: Тезисы докладов XXIII Международного симпозиума. Томск: Изд-во ИОА СО РАН, 2017. –181 с. XХIII Международный симпозиум "Оптика атмосферы и океана. Физика атмосферы" Тезисы докладов 3-7 июля 2017 года, Иркутск. С 137 (секционный, российская).
- П.Н. Антохин, О.Ю. Антохина, А.В. Пененко Численная оценка эффективности оптимизационного алгоритма решения обратной задачи поиска источников по данным вертикальных профилей концентраций для модели адвекции-диффузии атмосферной примеси // Марчуковские научные чтения – 2017. Институт вычислительной математики и математиче- ской геофизики Сибирского отделения Российской академии наук. Новосибирск. 25 июня – 14 июля 2017 г. Новосибирск: Омега Принт, 2017 с.101 (секционный, российская).
- Антохин П.Н., Пененко А.В., Антохина О.Ю. Исследование эффективности оптимизационного алгоритма решения обратной задачи с использованием данных о вертикальном распределении концентраций примеси для модели адвекции-диффузии // Сборник тезисов IX международной молодежной школы-конференции теория и численные методы решения обратных и некорректных задач, посвященной 85-летию со дня рождения академика М.М. Лаврентьева, с.8 (секционный, российская).
- Пененко А.В., Пененко В.В., Цветова Е. Алгоритмы усвоения данных в моделях мониторинга качества атмосферы на базе вариационного принципа // Марчуковские научные чтения – 2017. Институт вычислительной математики и математической геофизики Сибирского отделения Российской академии наук. Новосибирск. 25 июня – 14 июля 2017 г. Новосибирск: Омега Принт, 2017 с.111 (секционный, российская).
- Гришина А.А., Пененко А.В. Влияние выбранной схемы решения прямой задачи на эффективность работы схем вариационного усвоения данных // Марчуковские научные чтения – 2017. Институт вычислительной математики и математической геофизики Сибирского отделения Российской академии наук. Новосибирск. 25 июня – 14 июля 2017 г. Новосибирск: Омега Принт, 2017 с.103 (секционный, российская).
- А. В. Пененко, С. В. Николаев, С. К. Голушко Численные алгоритмы идентификации коэффициента диффузии по снимкам полей концентрации // Марчуковские научные чтения – 2017. Институт вычислительной математики и математической геофизики Сибирского отделения Российской академии наук. Новосибирск. 25 июня – 14 июля 2017 г. Новосибирск: Омега Принт, 2017 с.137 (секционный, российская).
- Пененко А. В., Пененко В. В., Цветова Е. А., Гришина А. А. Обратные задачи в алгоритмах усвоения данных химии атмосферы // Математика в современном мире. Международная конференция, посвященная 60-летию Института математики им. С. Л. Соболева (Новосибирск, 1419 августа 2017 г.): Тез. докладов / под ред. Г. В. Демиденко. Новосибирск: Изд-во Института математики, 2017. С.320 (секционный, российская).
- Пененко А.В. Численные алгоритмы усвоения данных для моделей переноса и трансформации примесей в Атмосфере // Сборник тезисов IX международной молодежной школы-конференции теория и численные методы решения обратных и некорректных задач, посвященной 85-летию со дня рождения академика М.М. Лаврентьева с.48 (пленарный, российская)
- Гришина А.А., Пененко А.В. Методы вариационного усвоения данных, учитывающие априорную информацию о моделях химической кинетики // VIII МЕЖДУНАРОДНАЯ КОНФЕРЕНЦИЯ ПО МАТЕМАТИЧЕСКОМУ МОДЕЛИРОВАНИЮ Тезисы докладов. 2017 Издательство: Северо-Восточный федеральный университет имени М.К. Аммосова (Якутск) VIII Международная конференция по математическому моделированию : тезисы докладов / Под ред. д.ф.-м.н. И.Е. Егорова., д.ф.-м.н. С.В. Попова. – Якутск : Издательский дом СВФУ, 2017. – 218 c. C 82 (секционный, российская).
- Пененко А.В., Гочаков А.В., Антохин П.Н. численное исследование вариационных алгоритмов обратного моделирования переноса примесей в атмосфере новосибирской городской агломерации // Аэрозоли Сибири XXIV Конференция (рабочая группа): Тезисы докладов – Томск: Изд-во ИОА СО РАН, 2017 – С. 32 (секционный, российская).
- Гришина А.А., Пененко А.В. Построение модифицированной схемы вариационного усвоения данных. Сборник тезисов IX международной молодежной школы-конференции теория и численные методы решения обратных и некорректных задач, посвященной 85-летию со дня рождения академика М.М. Лаврентьева C.24 (секционный, российская).
- Воропаева А.А., Щелкунова Е.И., Русова Т.В., Николаев С.В., Пененко А.В., Ратушняк А.С., Кирилова И.А. Физико-химические и механические свойства внеклеточного матрикса как сигналы для управления пролиферацией, дифференцировкой, подвижностью и таксисом клеток // Труды Третьего Российского национального конгресса «Трансплантация и донорство органов» 2-4 октября 2017. Вестник трансплантологии и искусственных органов. 2017. Т. 19. № S. С. 192. (секционный, российская).
В высокорейтинговых научных изданиях, входящие в базы цитирования Scopus и/или Web of Science
- Kabanikhin S.I., Krivorotko O.I. Identification of biological models described by systems of nonlinear differential equations // Journal of Inverse and Ill-Posed Problems. – 2015. - Vol. 23, Iss. 5. – P. 519-527. DOI: 10.1515/jiip-2015-0072.
- Кабанихин С.И., Воронов Д.А., Гродзь А.А., Криворотько О.И. Идентифицируемость математической модели медицинской биологии // Вавиловский журнал генетики и селекции. – 2015. – Том 19, № 6. – С. 738-744. DOI: 10.18699/VJ15.097./English version: Kabanikhin S.I., Voronov D.A., Grodz A.A., Krivorotko O.I. Identifiability of mathematical models in medical biology // Vavilov Journal of Genetics and Breeding. – 2016. – V. 19, No. 6. – P. 738-744. DOI: 10.18699/VJ15.097.
- Карчевский А.Л., Назаров Л.А., Назарова Л.А. Расчет давления газа в закрытой емкости с угольным шламом при изотермической десорбции // Сибирский журнал индустриальной математики. – 2015. - Т. 18, № 1. - С. 45-55./English version: Karchevsky A.L., Nazarov L.A., Nazarova L.A. Calculation of the Gas Pressure in a Closed Container with Coal Slack under Isothermal Desorption // Journal of Applied and Industrial Mathematics. – 2015. - Vol. 9, No. 2. – P. 196-205. DOI: 10.1134/S1990478915020052.
- Karchevsky A.L., Marchuk I.V., Kabov O.A. Calculation of the heat flux near the liquid-gas-solid contact line // Applied Mathematical Modelling. – 2015. DOI: 10.1016/j.apm.2015.06.018.
- Marchuk I., Karchevsky A., Surtaev A., Kabov O. Flux at the surface of metal foil heater under evaporating sessile droplets // International Journal of Aerospace Engineering. – 2015. - vol. 2015. - Article ID 391036. DOI: 10.1155/2015/391036.
- Terekhov A.V. Spectral-difference parallel algorithm for the seismic forward modeling in the presence of complex topography // Journal of Applied Geophysics. – 2015. – V. 115. – P. 206-219. DOI: 10.1016/j.jappgeo.2015.02.016.
- Kulikov I.M., Chernykh I.G., Snytnikov A.V., Glinskiy B.M., Tutukov A.V. AstroPhi: A code for complex simulation of dynamics of astrophysical objects using hybrid supercomputers // Computer Physics Communications. – 2015. – V. 186. – P. 71-80. DOI: 10.1016/j.cpc.2014.09.004.
- Kulikov I., Chernykh I., Snytnikov A., Protasov V., Tutukov A., Glinsky B. Numerical Modelling of Astrophysical Flow on Hybrid Architecture Supercomputers // Parallel Programming: Practical Aspects, Models and Current Limitations. – 2015. – P. 71-116.
В российских научных изданиях, рецензируемых ВАК
- Назарова Л.А., Назаров Л.А., Карчевский А.Л., Вандамм М. Определение газокинетических параметров блочного угольного пласта на основе решения обратной задачи по данным измерения давления газа в скважине // Физико-технические проблемы разработки полезных ископаемых. – 2015. - № 4. – С. 34-41.
- Щербаков В.В., Криворотько О.И. Оптимальные формы трещин в вязкоупругом теле // Труды Института математики и механики УрО РАН. – 2015. – Т.21, №1. – С. 294-304.
- Зятьков Н.Ю., Айзенберг А.А., Айзенберг А.М. Высокооптимизированный пакет программ МНКВ для дифракционного моделирования. Свидетельство о государственной регистрации программы для ЭВМ №2015662020. Федеральная служба по интеллектуальной собственности РФ (Роспатент), 2015.
В трудах международных конференций, входящих в базу цитирования Scopus
- Kabanikhin S.I., Krivorotko O.I. Coupled inverse problems and visualization of atmosphere-ocean system // VI International Conference on Computational Methods for Coupled Problems in Science and Engineering (COUPLED PROBLEMS 2015), Venice, Italy, May 18-20, 2015. – P. 921-929.
- Kabanikhin S.I., Krivorotko O.I. Mathematical algorithm for calculation of the moving tsunami wave height // Proceedings of the 8th International Conference “Computational and Information Technologies in Science, Engineering and Education” (CITech 2015), Almaty, Kazakhstan, September 24-27, 2015 in Mathematical Modeling of Technological Processes, Cham, Heidelberg, New York, Dordrecht, London: Springer, 2015. Editors: Danaev, Nargozy, Shokin, Yurii, Darkhan, Akhmed-Zaki (Eds.). – 2015. – P. 66-72. DOI: 10.1007/978-3-319-25058-8_7.
- Kabanikhin S., Krivorotko O., Mortier A., Voronov D., Yermolenko D. A numerical algorithm of parameter estimation for dynamic model for HIV infection of CD4+ T cells // The proceedings of the 2015 International Conference on Biomedical Engineering and Computational Technologies (SIBIRCON), 28-30 October, Technopark of Novosibirsk Akademgorodok, Russia, 2015. – P. 180-185. ISBN: 978-1-4673-9109-2. DOI: 10.1109/SIBIRCON.2015.7361878.
- Ilyin A.I., Kabanikhin S.I., Voronov D.A., Krivorotko O.I., Belonog A.Yu. Numerical solution of inverse problem for secretion and kinetics of c-peptide model // The proceedings of the 2015 International Conference on Biomedical Engineering and Computational Technologies (SIBIRCON), 28-30 October, Technopark of Novosibirsk Akademgorodok, Russia, 2015. – P. 108-112. ISBN: 978-1-4673-9109-2. DOI: 10.1109/SIBIRCON.2015.7361862.
- Kulikov I., Chernykh I., Glinsky B., Weins D., Shmelev A. Astrophysics simulation on RSC massively parallel architecture // Proceedings - 2015 IEEE/ACM 15th International Symposium on Cluster, Cloud, and Grid Computing, CCGrid 2015. – 2015. – P. 1131-1134. DOI: 10.1109/CCGrid.2015.102.
- Kabanikhin S.I., Krivorotko O.I., Voronov D.A., Yermolenko D.V. Optimization approach for solving the inverse problem for the simplest model of infectious disease // Труды шестой международной молодежной научной школы-конференции «Теория и численные методы решения обратных и некорректных задач», Siberian Electronic Mathematical Reports. – 2015. - V. 12. – P. С154-С162. DOI: 10.17377/semi.2015.12.089.
- Ilyin A.I., Kabanikhin S.I., Krivorotko O.I., Voronov D.A., Kashtanova V.N. Numerical algorithms for solving of direct and inverse problems in epidemiology // Труды шестой международной молодежной научной школы-конференции «Теория и численные методы решения обратных и некорректных задач», Siberian Electronic Mathematical Reports. – 2015. - V. 12. – P. С90-С96. DOI: 10.17377/semi.2015.12.089.
- Kabanikhin S.I., Krivorotko O.I., Voronov D.A., Latushenko V.A. Numerical approach for solving of inverse problem for the simplest mathematical model of infectious disease with delay // Труды шестой международной молодежной научной школы-конференции «Теория и численные методы решения обратных и некорректных задач», Siberian Electronic Mathematical Reports. – 2015. - V. 12. – P. С114-С122. DOI 10.17377/semi.2015.12.089.
- Kabanikhin S.I., Voronov D.A., Krivorotko O.I., Grodz A.A.Identifiability of dynamic systems illustrated by pharmacokinetic and immunology examples // Труды шестой международной молодежной научной школы-конференции «Теория и численные методы решения обратных и некорректных задач», Siberian Electronic Mathematical Reports. – 2015. - V. 12. – P. С182-С188. DOI: 10.17377/semi.2015.12.089.
- Ilyin A.I., Kabanikhin S.I., Voronov D.A., Krivorotko O.I., Vostrikova E.I. Numerical solution of inverse problem for two pharmacokinetic models // Труды шестой международной молодежной научной школы-конференции «Теория и численные методы решения обратных и некорректных задач», Siberian Electronic Mathematical Reports. – 2015. - V. 12. – P. С234-С245. DOI: 10.17377/semi.2015.12.089.
- Kabanikhin S.I., Voronov D.A., Krivorotko O.I., Belonog A.Yu. Numerical solution of inverse problem for mathematical model of secretion and kinetics of C-peptide // Труды шестой международной молодежной научной школы-конференции «Теория и численные методы решения обратных и некорректных задач», Siberian Electronic Mathematical Reports. – 2015. - V. 12. – P. С246-С254. DOI: 10.17377/semi.2015.12.089.
Заведующий лабораторией: д. ф.-м. н. Кабанихин Сергей Игоревич, ksi52@mail.ru
Сотрудники:
Сотрудники:
- Ермоленко Дарья Владимировна, инженер
- Ключинский Дмитрий Владимирович, инженер
- Колчанов Николай Александрович, главный научный сотрудник
- Кондакова Екатерина Алексеевна, лаборант
- Криворотько Ольга Игоревна, научный сотрудник
- Куликов Игорь Михайлович, старший научный сотрудник
- Латышенко Варвара Александровна, лаборант
- Машуков Владимир Иванович, старший научный сотрудник
- Новиков Никита Сергеевич, младший научный сотрудник
- Пененко Алексей Владимирович, научный сотрудник
- Шишленин Максим Александрович, старший научный сотрудник