Кафедра создана в сентябре 2017 г. в результате объединения кафедры древних языков и кафедры древних литератур и литературного источниковедения. Кафедра древних языков была образована в 1994 г. по инициативе Л. Г. Панина, который стал ее первым заведующим. У истоков кафедры стоял также доктор филологических наук, профессор Кирилл Алексеевич Тимофеев (31.03.1914–25.09.2004), один из основателей филологической науки и гуманитарного образования в новосибирском Академгородке. Это известный ученый-русист, крупнейший специалист в области исторического языкознания, истории русского языка и словообразования, одним из первых в отечественном языкознании поставивший вопрос о системном подходе к описанию явлений языка. В итоге кафедра консолидировала людей, избравших своей специальностью исследование древних языков, а также письменного наследия средневековой славянской и греко-византийской книжной культуры. В 2003 г. была образована кафедра древних литератур и литературного источниковедения. Ее заведующей стала профессор, доктор филологических наук Елена Ивановна Дергачева-Скоп, известный специалист по истории древнерусской литературы. В основу кафедры было положено научное направление «Русская средневековая книга и литература» под руководством Е. И. Дергачевой-Скоп, развивавшееся к тому моменту в НГУ в течение 35 лет на кафедре общего языкознания (зав. кафедрой К. А. Тимофеев), а затем на кафедре литературы (зав. кафедрой В. Г. Одиноков).
