Первая кафедра, осуществлявшая специализированную подготовку студентов-историков в НГУ, была создана в 1962 г. – кафедра истории. Ее заведующим стал профессор А. П. Окладников. В 1971 г. она была разделена на две кафедры: истории СССР и всеобщей истории. В 1991 г. кафедра истории была переименована в кафедру отечественной истории.
Первым заведующим кафедрой истории СССР был доктор исторических наук, профессор Н. Я. Гущин. В последующие годы кафедру возглавляли доктора исторических наук, профессора Н. А. Миненко (1982–1990 гг.), В. И. Шишкин (1990–2004 гг.), С. А. Красильников (2004–2014 гг.), Н. С. Гурьянова (2014–2016). С 2017 г. заведующим кафедрой отечественной истории является д-р ист. наук, профессор А. С. Зуев.
За прошедшие годы на кафедре работали многие известные ученые-сибиреведы, в том числе академик Н. Н. Покровский, чл.-корр. РАН Л. М. Горюшкин, доктора ист. наук С. С. Букин, М. М. Громыко, Н. Д. Зольникова, А. С. Московский, И. В. Побережников, Д. Я. Резун, В. Л. Соскин, кандидаты исторических наук О. Н. Вилков, К. И. Зубков, Ю. Л. Троицкий, О. В. Чумичева. К настоящему времени профессорско-преподавательский состав кафедры представлен в основном ее же выпускниками.
